- Desa Pagerharjo berada di sebelah timur Kecamatan Wedarijaksa Kabupaten Pati. Jarak desa Pagerharjo dengan Kecamatan Wedarijaksa adalah 2,3 km.
- Batas-batas wilayah desa adalah sebagai berikut:
- Sebelah Utara : Desa Kajar Kec. Trangkil
- Sebalah Timur : Desa Jatimulyo
- Sebelah Selatan : Desa Ngurenrejo dan Desa Jontro
- Sebelah Barat : Desa Wedarijaksa
- Luas wilayah desa seluruhnya : 206,40 Ha.
- Tanah sawah : 103 Ha
- Pemukiman : 96 Ha
- Bangunan umum : 1 Ha
- Empang : 2 Ha
- Makam : 0,7 Ha
- Lain-lain : 3,7 Ha
- Jumlah RT dan RW Desa Pagerharjo adalah
- Jumlah RT : 20 RT
- Jumlah RW : 4 RW